A Ducati teve que reduzir a capacidade do motor das suas motos para se adequar as normas japonesas e poder operar no país. A Panigale 1199 recebeu um escapamento mais longo, feito de fibra de carbono, com o objetivo de diminuir o ruído. Seguindo as regras do Japão, a potência da esportiva também foi diminuída de 195 cavalos para 135 cv. O motor segue o mesmo bicilíndrico de 1199 cm³, mas teve a injeção remapeada.
O torque também foi reduzido para 11,1 kgf.m (o modelo vendido na Itália alcança 13,5 kgf.m). Com as alterações, a Panigale ganhou 4 kg, chegando a 170,5 kg. A moto possui como opcionais freios ABS, controle de tração e suspensões com ajustes eletrônicos.